אוכלוסיית החיידקים במעיים נמצאת במה שנקרא הפלורה של המעיים ובה יש מאבק הישרדותי בין החיידקים הטובים לחיידקים הפתוגניים. דרך הפעולה של חיידקים הטובים בשמירה על הבריאות היא ע"י שינוי רמת החומציות (PH) באברי מערכת העיכול והן ע"י ייצור רכיבים הקוטלים את החיידקים הפתוגניים. יש לחיידקים הטובים השפעה חיובית מאוד בכל הקשור למחלות ובעיות עיכול. כמות מספקת מסייעת בטיפול במקרים של מחלות עיכול זיהומיות והפרעות עיכול כמו עצירות ושלשול, הם נמצאו כיעילים מאוד במצבים של IBS- תסמונת המעי הרגיז, ובהתפרצות של הליקובקטר פילורי במערכת העיכול, ואלרגיות. כמו כן יש להם השפעה טובה בקרב נשים עם דלקות חוזרות בנרתיק (מצב שיכול להיגרם כתוצאה מזיהומים במערכת העיכול), והם אף עוזרים לנשים שנטלו פרוביוטיקה במהלך ההריון לחזור למשקל התקין לאחר הלידה.

​

אחת מההמלצות שאני נותן למטופליי שנים רבות היא לקחת פרוביוטיקה (כמות כפולה) שעתיים לפני או אחרי אנטיביוטיקה, ובכך לשמור על הפלורה הטבעית והחיובית של המעיים. לכל זן פרוביוטי יש איכויות משלו, ישנם כאלה המתאימים יותר למערכת העיכול ואחרים יהיו יעלים יותר לאזור הוואגינה ושיפור פלורת הנרתיק. ההמלצה היא לקחת את הפרוביוטיקה בעלת הרכב זני החיידקים הייעודי למצב.